Plusieurs projets de recherche effectués chaque année en Suisse supposent la capture d'animaux sauvages dans leur environnement, leur marquage, puis leur lâcher. En vertu de l'article 12 LPA, de telles enquêtes, dont le but est d'obtenir des informations scientifiques, sont à considérer comme des expériences sur animaux. Ces recherches sur des animaux sauvages sont réglementées dans plusieurs lois (loi sur la protection de la nature et du paysage, loi sur la chasse, loi sur la pêche) et font l'objet d'autorisations et de contrôles de la part des autorités (fédérales et cantonales) concernées. Pour éviter des recoupements et distinguer leurs compétences respectives, l'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage (OFEFP) et l'Office vétérinaire fédéral ont publié une directive à ce sujet (OVF 800.116-4.03 concernant la capture, l'immobilisation et le marquage d'animaux sauvages pour des recherches scientifiques et des recensements de populations). La législation sur la protection des animaux reste applicable lorsque des recherches utilisent des méthodes qui ne sont pas considérées comme des méthodes de routine dans l'étude de la biologie des animaux sauvages et qui requièrent des aptitudes particulières (selon les espèces: prise de sang, immobilisation des animaux pendant plus de deux heures, etc.). Cette même législation concerne aussi les expériences effectuées sur des petits rongeurs et des insectivores qui ne figurent pas dans les lois susmentionnées (espèces «non protégées»).

Pour les recherches qui ne sont pas considérées comme des expériences sur animaux, l’OFEFP transmet les chiffres portant sur l'année écoulée à l’OVF (un relevé systématique des chiffres concernant les reptiles et les amphibiens fait défaut depuis plusieurs années).

En 1999, la recherche en biologie des animaux sauvages a porté sur 460 mammifères, 75 936 oiseaux et 2 000 poissons qui ont été capturés, marqués puis relâchés.

En 1999 on a par ailleurs utilisé 1324 mammifères (tableaux 4.1 - 5.3) dans des recherches en biologie des animaux sauvages que l'on continue à considérer comme des expériences sur animaux (expériences soumises à autorisation et expériences non soumises à autorisation); comprenant des musaraignes, des chauve-souris, marmottes, des petits rapaces ainsi que du gibier à onglons dans des études sur le terrain.